Sohn Schweizer Eltern, lebte bis 1875 in Wien, wo er ersten Klavierunterricht erhielt. 1877–83 studierte J.-D. am Genfer und 1884–86 am Pariser Konservatorium; 1886/87 2. Kapellmeister am Theater von Algier. In diesen Jahren fügte er seinem Namen den Zusatz D. hinzu. 1887/88 und 1888/89 – in beiden Studienjahren erfolgte ein vorzeitiger Studienabbruch – studierte er am Konservatorium der GdM bei A. Bruckner, A. Prosniz, R. Fuchs und H. Graedener. 1889–91 neuerlich in Paris, ließ sich J.-D. anschließend in Genf nieder, wo er 1892–1910 am dortigen Konservatorium lehrte und 1915 das J.-D.-Institut gründete. 1899 ehelichte er die italienische Sängerin Maria-Anna Starace (Pseud. Nina Faliero; 1877–1946).

Die nach 1900 explosionsartige Verbreitung der Rhythmusbewegung von J.-D. sowohl in kulturelle als auch pädagogische Bereiche erklärt sich aus der Tatsache, dass die von ihm entwickelte „Rhythmische Gymnastik“ die Forderung nach einer Vereinigung von Musik und Bewegung einlöste, die nicht nur Teil von Lebensreformbestrebungen, sondern auch des Theaters gewesen war. Hatten sich die Forderungen aus Ermangelung einer verfügbaren Körpertechnik in theoretischen Formulierungen erschöpft, so war durch die Rhythmische Gymnastik die gewünschte Verquickung tatsächlich körperlich möglich geworden. J.-D. hatte seine Methode am Genfer Konservatorium zu entwickeln begonnen. Diese war dann in der Gartenstadt Hellerau bei Dresden/D in dem für ihn eigens errichteten Institut für angewandten Rhythmus (Architekt: Heinrich v. Tessenow) derart weitergeführt worden, dass die Namen des Schöpfers und des Ortes 1911–14 zentrale Bedeutung für das geistige und gesellschaftliche Europa erlangten (s. Abb.). Da die Rhythmusbewegung mit ihrer angewandten Körperlichkeit ein echtes Bedürfnis der Zeit zu befriedigen vermochte, strahlte sie von Hellerau aus nicht nur in die Welt, sondern bahnte sich auch über die Jahre hin und zum Teil bereits losgelöst von J.-D. eigene Wege. Als „Rhythmik“ fand das Gedankengut J.-D.s sowohl Eingang in Musikpädagogik (Musikausbildung) wie in therapeutische Arbeit, als „technische“ Basis wurde es zunächst in ursprünglicher, sehr schnell in individuell veränderter Gestalt eine körperliche Grundlage für den sich zu dieser Zeit formierenden Ausdruckstanz.

Wien gibt Zeugnis für diese Entwicklung. Schon 1912 eröffneten die Hellerauer Pädagogen Eduard Favre und Suzanne Perrottet eine Zweiganstalt in Wien, 1913 brachte Perrottet mit ihrer Choreographie des Tannhäuser-Bacchanals für die Wiener Hofoper erstmals eine auf J.-D. basierende Realisation auf die Bühne. 1925 etablierte sich in Laxenburg das Nachfolge-Institut Hellerau-Laxenburg, das sich, mit verändertem Lehrangebot und mit R. Chladek als wesentlichster künstlerischer und pädagogischer Persönlichkeit zu einem europäischen Zentrum des Ausdruckstanzes entwickelte. Das Institut wurde 1939 geschlossen, Chladek führte ihre Arbeit am Konservatorium der Stadt Wien und an der Akademie für Musik und darstellende Kunst weiter. Die weltweit angebotene Arbeit Chladeks ist heute Basis der Abteilung für Pädagogik für Modernen Tanz am Konservatorium der Stadt Wien, die Rhythmik ist in allen wichtigen pädagogischen Institutionen fest verankert.