Im Mittelalter lag das Hauptaugenmerk der Musikpflege im 1244 (1112 in St. Georgen an der Traisen/NÖ) gegründeten Stift H. auf der feierlich gesungenen Liturgie. Diese orientierte sich an der liturgischen Ordnung der Passauer Diözese, wobei die im 12. Jh. von Salzburg ausgehende Reform der Regularkanoniker auch für H. u. a. eine verstärkte Verwendung von Sequenzen im Rahmen der Liturgie bedeutete. Außerdem wurde die zweite Stufe der visitatio sepulchri-Gesänge vom Typ Quem quaeritis, o tremulae mulieres, ebenso verwendet, wie ab dem 14. Jh. deutschsprachige Volksgesänge. Seit etwa 1350 dürfte es in der Stiftskirche auch bereits eine Orgel gegeben haben, bevor gegen Ende des Mittelalters die Hussiten und die Ungarn das Kloster zerstörten.

Für das 15. Jh. ist in H. die Existenz einer Orgel gesichert, weil im Jahre 1600 laut den im Stift vorhandenen Orgelakten der Orgelmacher Jonas Faber aus Waidhofen an der Thaya/NÖ mit einer Orgelreparatur beauftragt wurde. Diese reparierte Orgel wurde 1512 bei einem Kirchenbrand vernichtet. Als Organisten waren damals v. a. Schulmeister des Stiftes tätig, die auch die Betreuung der Instrumente übernahmen.

Im Bereich der polyphonen Musik erlebte das Stift einen Höhepunkt im 18. Jh., wo es zu den wichtigsten Zentren kirchlicher und profaner Musikpflege in Niederösterreich gehörte, durch die Komponisten G. J. Donberger, U. und dessen älteren Bruder J. Krottendorfer. Das damals im Stift verwendete musikalische Repertoire dürfte dem der kaiserlichen Hofkapelle in Wien ähnlich gewesen sein. Einen Überblick darüber erhält man durch einen 1751 verfassten Musikalienkatalog. Aus dem 19. Jh. ist v. a. Propst J. Neugebauer (1847–56) bekannt.

Hinsichtlich der Instrumente wurde 1709, wahrscheinlich auf Empfehlung des kaiserlichen Vizekapellmeisters und späteren Hofkapellmeisters M. A. Ziani, der kaiserliche Hoforgelmacher Lothar Franz Walter mit dem Neubau einer Orgel (2 Manuale, 18 Register) beauftragt, den er 1721 fertigstellte. Auf Grund einiger Probleme im Rahmen der aktuellen Musizierpraxis musste die Orgel 1735 durch J. Hencke einen Halbton tiefer gestimmt werden. Infolge des Neubaus der Kirche 1743 durch Franz Munggenast wurde J. Hencke 1749 mit dem Neubau einer Orgel (3 Manuale, 39 Register) beauftragt, die 1894 durch L. Breinbauer und 1964 durch die Firma G. Hradetzky überarbeitet wurde.