Zweitältester Sohn von Kaiser Ferdinand I. Wegen der drohenden Türkengefahr in Wien wurden Ferdinand und seine Geschwister in Innsbruck erzogen, wobei Musik eine nicht unwesentliche Rolle (im Sinne von Baldassare Castigliones Bild des Hofmannes) gespielt haben soll. 1544 erhielt F. einen eigenen Hofstaat, 1547 setzte ihn sein Vater als kaiserlichen Statthalter in Böhmen ein; 1557 geheime Hochzeit mit Philippine Welser. 1567 hielt F. in den ihm 1564 zugesprochenen Ländereien (Tirol und Vorlande) Einzug. Schon ab 1564 ist eine Hofmusikkapelle für F. nachweisbar, die von G. Bruneau geleitet wurde; nach der Auflösung der kaiserlichen HMK 1564 wechselten einige Musiker nach Innsbruck. Die HMK war anfangs im Vokalbereich von den Franko-Flamen dominiert (Instrumentalisten waren schon durchwegs Italiener), ab 1585 jedoch zunehmend italianisiert; neben Bruneau sind dessen Nachfolger J. Regnart, A. Utendal, die Brüder Flori oder T. Massaini (u. a.) als Komponisten des Hofes zu nennen. Ein wichtiger Impuls ging von F.s. zweiter (und nun standesgemäßer) Hochzeit mit seiner Nichte Anna Katharina Gonzaga 1582 aus, die als Fest im Sinne der italienischen Renaissance gefeiert wurde (dazu Tschmuck) und den italienischen Einfluss bei Hof verstärkte. F.s. seit seiner Prager Zeit betriebene rege Sammeltätigkeit sind die wertvollen Sammlungen in Schloss Ambras (heute ein Teil des KHM Wien) zu verdanken.