Stammte aus einer Lehrer- und Musikerfamilie. Als Sängerknabe im Stift Seitenstetten erhielt er Musikunterricht von P. M. Wenger. 1899–1903 besuchte er die Lehrerbildungsanstalt in Budweis. 1903–14 war er als Volks- und Austauschlehrer in mehreren böhmischen Orten tätig (Strobnitz bei Gratzen [Horní Stropnice], Deutsch Beneschau [Benešov nad Černou], Deutsch Reichenau [Rychnov u Nových Hradů], Rosenthal im Böhmerwald [Rožmital na Šumava]). Musikstudium in Prag (Staatsprüfung aus Harmonielehre und Musikgeschichte 1905, Orgel 1925, Klavier 1931). Nach dem Besuch eines kirchenmusikalischen Instruktionskurses in Graz 1911 beschäftigte sich St. mit dem gregorianischen Choral. 1914–30 war er Lehrer und Organist in Friedberg (Frymburk/CZ), 1931–36 in Kuschwarda, danach in Krumau (Český Krumlóv/CZ). 1938/39 unterrichtete er hier Musik und Pädagogik an der Lehrerbildungsanstalt, 1939/40 an jener in Linz, 1940–43 unterrichtete er Musiktheorie, Orgel und Chorgesang am Linzer Bruckner-Konservatorium. 1943–45 war er wieder an der Lehrerbildungsanstalt in Krumau tätig. Nach dem Zweiten Weltkrieg war er zunächst Organist in Untermoldau (Dolné Vltavice/CZ), 1947–56 dann Musikerzieher am Seitenstettener Stiftsgymnasium und Organist an der Stiftskirche. Die letzten Jahre verbrachte er in Linz. 1983 richtete seine Frau, die Klavierpädagogin Barbara St., geb. Wiesmayer, eine Stiftung für Schüler der Linzer Bruckner-Konservatoriums (seit 2004 Privatuniv.) ein. St.s Sohn Johannes Baptist St. war Chordirektor und Organist in Marburg an der Lahn/D.