Sohn des Organisten und Komponisten Matthäus M. (ca. 1730–1814), von dem er ersten Klavier- und Orgelunterricht erhielt. Von Johann Christoph Friedrich Bach gefördert (Schüler?), trat er bereits während seiner Gymnasial- und Studienzeit (Jus in Göttingen) als Konzertflötist in Erscheinung. 1789 wurde er Organist in Magdeburg/D, hier auch Stadtmusikdirektor und ab 1792 Leiter der Logen- (Freimaurer) und Adelskonzerte. 1794 kam er nach Leipzig/D, war Organist an St. Nikolai und Erster Flötist im Gewandhausorchester; 1804–09 J. A. Hillers Nachfolger als Thomaskantor. Ab 1810 Hofkpm. in Weimar/D, wo er auch als Musiklehrer am Gymnasium und am Lehrerseminar sowie als Musikdirektor an der Stadtkirche wirkte. Neben seinen beruflichen Verpflichtungen arbeitete M. für verschiedene Musikverlage (u. a. Breitkopf & Härtel) als Berater, Korrektor und Arrangeur (Klavierauszug). Sein Sohn Theodor Amadeus M. (1798–1846) gehörte als Schüler L. Spohrs der Weimarer Hofkapelle an.