Sohn des Haller Pfarrorganisten Martin K. († 5.4.1666). Der Großvater, Gallus K., war Spielmann und Geiger am Haller Pfarrchor. Um 1661 übernahm Bartholomäus das Organistenamt an der Stadtpfarrkirche St. Nikolaus von seinem Vater. 1670 lieferte er die Musik zu einer Komödie, die im Haller Rathaus aufgeführt wurde, weiters komponierte er musikalische Einlagen für Haller Jesuitenspiele (Jesuitendrama) 1682 und 1695. In seine lange Amtszeit fällt der Bau einer neuen Orgel in St. Nikolaus durch F. Köck; das Instrument wurde von K. begutachtet und gestimmt. 1714–24 übernahm der Pfarrorganist die Betreuung der Singknaben, weil der eigentlich dafür zuständige Chormeister N. Eisenmanger sich nicht dazu in der Lage sah. 1725 schließlich, in seinem 85. Lebensjahr, wurde ihm eine Pension gewährt. 1729 suchte er um Aufbesserung seines Salärs an, weil er sein Amt nicht mehr versehen konnte und daher die im Rahmen dieser Tätigkeit anfallenden Zusatzeinkünfte an seinen Nachfolger verlor; dem Gesuch wurde entsprochen. In Periochen zu Haller Jesuitenspielen, zu denen er die Musik lieferte, wird er als „Ornatissimus ac Spectabilis D. Bartholomäus Kogler“ bezeichnet. Ein Inventar der Musikalien des Haller Pfarrchores aus der Mitte des 19. Jh.s nennt unter den zwischen 1840–50 angeschafften Werken ein Offertorium von „Kogler“, doch ist eine Autorschaft B. K.s aufgrund der enormen zeitlichen Distanz ausgeschlossen. In einem Sammelband aus dem frühen 18. Jh. mit Messen in der erst kürzlich wieder entdeckten Musikslg. des Bozener Franziskanerklosters ist auch eine „D. Kogler“ zugeschriebene Komposition enthalten, die wahrscheinlich aus der Feder B. K.s stammt.