Neffe von Mateo Flecha d. Ä. (* ca. 1481 Poblet/E, † ca. 1553 Poblet/E), der im Dienst der Infantinnen Maria und Johanna von Kastilien, der Töchter Karls V., gestanden war. 1543 trat F. ebenfalls in die Kapelle der beiden Töchter Karls V. als Sänger ein und blieb auch nach der Hochzeit Marias mit Erzhzg. Maximilian von Österreich (später Kaiser Maximilian II.) am spanischen Hof. 1552 trat er in den Karmeliter-Orden ein, ging nach Italien, ist aber 1568 wieder in habsburgischen Diensten unter Maximilian II. als Hofkaplan zu finden. 1579 wurde er von Rudolph II. zum Titularabt von Tihany/H ernannt, 1601 zog sich F. nach Spanien in die Benediktinerabtei San Pedro de Portella zurück, wo er ab 1599 (Ernennung durch Philipp III. von Spanien) bis zu seinem Tod Abt war. F. wurde v. a. durch seine Madrigale und die Herausgabe der Ensaladas seines Onkels (Prag 1581) bekannt.